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第三师疾病预防控制中心2026年斑点热群立克次体ompA基因测序及种水平鉴定服务
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400-688-2000
| 公告编号：**** | |
| 创建时间：2026-10-22 | |
| 需求名称： ****2026年斑点热群立克次体ompA基因测序及种水平鉴定服务 | |
| 原内容 | 修改后内容 |
| 项目需求描述: 一、服务目标 委托完成 ompA 基因阳性扩增产物从 Sanger 测序到种水平鉴定的全流程服务，输出明确种水平鉴**论。非单纯 Sanger 测序服务。 二、服务范围 1.实验端：完成 ompA PCR 产物 Sanger 测序、序列拼接与质量质控。 2.分析端：完成同源性比对、系统进化树构建，并判定具体斑点热群立克次体种类。 3.交付端：交付原始测序数据、中间分析文件及正式鉴定报告。 三、样本与引物 1.样本：委托完成 PCR 扩增、纯化的 ompA 阳性产物；编号、数量以随货样本明细单为准。 2.引物：测序上下游引物由供方合成，序列须与委托方 PCR 扩增所用引物完全一致；序列由委托方提供。 四、测序与数据质量要求 1.测序策略：所有样本双向测序，正、反向各完成 1 次测序反应。 2.碱基质量：有效测序区域平均 Phred ≥ 20；Phred ≥ 30 高置信碱基占比 ≥ 85%。仅可裁剪两端低质量区域，严禁人工修改原始碱基。 3.拼接质量：正反向重叠区 ≥ 100 bp，重叠区一致性 ≥ 99%；拼接序列 N 占比 ≤ 0.5%，无连续 3 个及以上 N；所有碱基可追溯至原始峰图。 4.峰图质量：主峰清晰，无严重套峰、基线漂移等问题；单端有效测序长度 ≥ 700 bp。 五、物种鉴定分析要求 1.严格遵循“序列比对 + 系统进化分析”流程，不得仅凭同源性比对直接定种。 2.同源性初筛：拼接序列与 NCBI GenBank 中斑点热群立克次体标准株序列进行 BLAST 比对。 3.系统进化分析：纳入斑点热群所有代表种 ompA 标准参考序列，采用邻接法（NJ）建树，Bootstrap ≥ 1000 次。待测序列与某一标准种聚为同一独立分支，且分支 Bootstrap 支持率 ≥ 70%，结合同源性结果判定物种。 4.无法明确判定：须在报告中说明原因，给出参考结论及后续验证建议。 六、交付成果清单 1.每样本正、反向原始 .ab1 峰图文件，无修改删减。 2.每样本拼接质控后一致性序列，FASTA 格式。 3.质量统计文件：碱基质量值、有效序列长度、歧义碱基占比等质控指标汇总表。 4.分析过程文件：同源性比对结果表、多序列比对文件、系统进化树高清原图。 5.正式鉴定报告：加盖供方公章，含样本信息、检测方法、质量指标、分析结果、鉴**论，以及引物批次、实验操作人、报告签发人等溯源信息。 七、异常情况处理 1.因样本浓度、纯度等自身原因导致测序失败，供方须第一时间反馈，提供原始峰图及原因说明，可优化样本后重新送样。 2.因供方引物合成、测序操作等原因导致测序失败、数据不达标或结果不可靠，供方免费重测并重新分析。 3.无法明确鉴定到种的样本，须详细说明序列特征与原因，不得出具模糊结论。 八、保密与结算 供方对所有样本信息、序列数据、鉴**果严格保密，不得外泄、发表或用于其他商业用途；样本及数据所有权归委托方。 交付成果时同步提供正规发票及服务明细单，****实验室档案归档。 | 项目需求描述: 一、服务目标 委托完成8份样本 ompA 基因阳性扩增产物从 Sanger 测序到种水平鉴定的全流程服务，输出明确种水平鉴**论。非单纯 Sanger 测序服务。 二、服务范围 1.实验端：完成 ompA PCR 产物 Sanger 测序、序列拼接与质量质控。 2.分析端：完成同源性比对、系统进化树构建，并判定具体斑点热群立克次体种类。 3.交付端：交付原始测序数据、中间分析文件及正式鉴定报告。 三、样本与引物 1.样本：委托完成 PCR 扩增、纯化的 ompA 阳性产物；编号、数量以随货样本明细单为准。 2.引物：测序上下游引物由供方合成，序列须与委托方 PCR 扩增所用引物完全一致；序列由委托方提供。 四、测序与数据质量要求 1.测序策略：所有样本双向测序，正、反向各完成 1 次测序反应。 2.碱基质量：有效测序区域平均 Phred ≥ 20；Phred ≥ 30 高置信碱基占比 ≥ 85%。仅可裁剪两端低质量区域，严禁人工修改原始碱基。 3.拼接质量：正反向重叠区 ≥ 100 bp，重叠区一致性 ≥ 99%；拼接序列 N 占比 ≤ 0.5%，无连续 3 个及以上 N；所有碱基可追溯至原始峰图。 4.峰图质量：主峰清晰，无严重套峰、基线漂移等问题；单端有效测序长度 ≥ 700 bp。 五、物种鉴定分析要求 1.严格遵循“序列比对 + 系统进化分析”流程，不得仅凭同源性比对直接定种。 2.同源性初筛：拼接序列与 NCBI GenBank 中斑点热群立克次体标准株序列进行 BLAST 比对。 3.系统进化分析：纳入斑点热群所有代表种 ompA 标准参考序列，采用邻接法（NJ）建树，Bootstrap ≥ 1000 次。待测序列与某一标准种聚为同一独立分支，且分支 Bootstrap 支持率 ≥ 70%，结合同源性结果判定物种。 4.无法明确判定：须在报告中说明原因，给出参考结论及后续验证建议。 六、交付成果清单 1.每样本正、反向原始 .ab1 峰图文件，无修改删减。 2.每样本拼接质控后一致性序列，FASTA 格式。 3.质量统计文件：碱基质量值、有效序列长度、歧义碱基占比等质控指标汇总表。 4.分析过程文件：同源性比对结果表、多序列比对文件、系统进化树高清原图。 5.正式鉴定报告：加盖供方公章，含样本信息、检测方法、质量指标、分析结果、鉴**论，以及引物批次、实验操作人、报告签发人等溯源信息。 七、异常情况处理 1.因样本浓度、纯度等自身原因导致测序失败，供方须第一时间反馈，提供原始峰图及原因说明，可优化样本后重新送样。 2.因供方引物合成、测序操作等原因导致测序失败、数据不达标或结果不可靠，供方免费重测并重新分析。 3.无法明确鉴定到种的样本，须详细说明序列特征与原因，不得出具模糊结论。 八、保密与结算 供方对所有样本信息、序列数据、鉴**果严格保密，不得外泄、发表或用于其他商业用途；样本及数据所有权归委托方。 交付成果时同步提供正规发票及服务明细单，****实验室档案归档。 |
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